Sin embargo, desde el Gobierno nacional negaron que Flávio Bolsonaro haya ingresado a la Argentina. La Dirección Nacional de Migraciones informó que no tiene registros de entrada del senador y aseguró que se realizaron controles sobre la aeronave y su tripulación. Según el organismo, la documentación de la empresa estaba en regla y no se presentó ningún plan de vuelo que incluyera a integrantes de la familia Bolsonaro.
En la Casa Rosada buscan evitar una nueva escalada diplomática con Brasil y descartan hacer nuevos pronunciamientos sobre el caso. Además, desde el Ejecutivo sostienen que no hubo colaboración del Gobierno argentino en la presunta salida del dirigente brasileño y que tampoco recibieron un pedido de asilo político.
La polémica se desató luego de que Bolsonaro saliera de su país a pesar de que la Justicia brasileña le había prohibido abandonar el territorio y le había ordenado entregar sus pasaportes en el marco de una investigación judicial.