Según la información oficial, la hora de defunsión del magistrado fue exactamente a las 6,20 de la mañana de hoy martes 4 de febrero. A los 64 años de edad, recien cumplidos. Fue un magistrado polémico desde que llegó a ocupar el cargo en el Poder Judicial, porque su nombre se conoció primero en una servilleta de confitería entre los recomendados políticos para su designación. Y en el último tramo de su vida, desde la llegada del gobierno de Mauricio Macri se estaba llevando puesto a los principales expositores del kirchnerismo, con Cristina Fernández a la cabeza. Hasta que apareció la grabación al "agente" Marcelo D'Alessio y su supuesto heroicismo cayó abrptamente en una mar de sospechas de que todo era parte de una gran orquestación entre distintos exponentes del poder macrista, que en la jerga judicial se conoce como "lawfare". Bonadío jamás explicó para quien trabajaba pero el uso de algunas figuras jurídicas inexistentes lo tendrán seguramente como exponente de lo que se debe imitar en justicia.

Había cumplido 64 años hace tres días, el 1° de febrero, y se encontraba de licencia. A fines de enero, había comunicado que extendería sus vacaciones al menos hasta marzo. 
Los rumores sobre su salud empezaron a circular en los pasillos de Comodoro Py en mayo del año pasado, cuando se sometió a una intervención en la cabeza. Al retomar sus funciones, les dijo a sus colaboradores: “Los registros sobre mi muerte están exagerados”.
Durante el 2019, continuó con su tarea habitual como juez de la Nación. Avanzó, por ejemplo, en una serie de procesamientos para Cristina Kirchner, Julio De Vido y otros ex funcionarios, junto a empresarios. Además, elevó a juicio oral la parte principal de la causa de los Cuadernos y todos los expedientes derivados.

En la última década, Bonadio se convirtió en uno de los magistrados más activos en investigar las causas de corrupción del kirchnerismo, lo que le provocó un fuerte enfrentamiento con la ex presidente Cristina Kirchner y otros funcionarios que participaron de los gobiernos peronistas.
En 2015, cuando aún era mandataria, la actual vicepresidenta habló de él en cadena nacional como un “juez pistolero y extorsionador”. Fue luego de que el entonces funcionario judicial ordenara allanamientos en la inmobiliaria de Máximo Kirchner en Santa Cruz.